如皋市坚持“系统治理+源头治理”总体思路，大力推进粪污资源化利用，削减农业面源污染总量，全市畜禽粪污综合利用率达98.65%，规模养殖场粪污处理设施装备配套率、规模养殖场治理率均达100%。

推进养殖环境提升。在养殖、贮存、利用三个环节，以“减量化、无害化、资源化”为原则，严格粪污处理利用设施配备标准，整改提升畜禽规模化养殖场292家、畜禽养殖专业户2972户、其它适度规模养殖的散养户5724家。改造户用蓄粪池1622个，建设田间调节池1475个，所有规模养殖场及畜禽养殖专业户做到了“两池”配套。实施中央畜禽粪污资源化利用项目，争取上级补助资金4000万元，建成畜禽粪污收集中转中心6个。

探索粪污处理社会化服务。率先在南通地区出台了《关于加快推进畜禽粪污处理社会化服务的实施意见》，提出建设“五有”畜禽粪污社会化服务组织，由政府、企业、社会共同参与，建立全程化、市场化服务运营机制。探索形成畜禽粪污多元化利用模式(大中型规模养殖场的“沼气工程”模式、中小型规模养殖场的“两池配套”模式、集中处理粪污的“处理中心”模式等)，有效削减了污染物总量。2019年以来，将畜禽粪污社会化服务组织规范化建设纳入农业产业高质量发展奖补范畴。全市共建成畜禽粪污社会化服务主体15个。

推广种养循环发展模式。大力推动种养循环，15家畜禽粪污服务主体对接1160多个畜禽养殖场(户)、640个种植园区，并签订服务协议，2021年施用各类粪肥18.85万吨，还田面积10.29万亩，取得了较好的经济、社会和生态效益。2021年以来，创成省级生态健康养殖示范场3家，10家省级生态健康养殖示范场通过复验，292家规模养殖场全部通过县级验收及市级抽验，生态健康养殖技术应用合格率100%。