“团队最新研发的靶向富集纳米孔测序试剂盒上机测序后,最快能10分钟内检出病毒,正在申报多项发明专利。”位于佛山高新区禅城园的佛山国家火炬创新创业园内,佛山源生基因生物科技有限公司(下称“源生基因”)的创始人余乐博士在介绍最新研发成果。

源生基因是国内首家实现病原体临床实时快速精准检测的高新技术服务企业。2020年,余乐博士率领的团队被评为佛山高新区高技术产业化创业团队A类项目,并成功签约入驻佛山高新区,深耕传染病病原体检测领域。余乐博士团队落户高新区1年有余再传喜讯,顺利攻克传染病病原体检测“卡脖子”技术。

此前,余乐博士团队研发的纳米孔快速检测设备突破了传统的分离培养法检测病原体需3-5天的限制,仅需6小时即可鉴定病原体及耐药基因,序列数据库和解读知识库可覆盖上百万条微生物序列和近2万种人体致病病原体信息,为发现病因、救治病人、对症下药等救治环节赢得关键时间。

当下,余乐博士团队在临床医学病原体检测应用领域“再添新品”。

“以往的纳米孔测序技术具有长读长的特性,同时也具有随机错误率高的缺点,如何利用纳米孔测序数据实现对临床样本病原体的快速、准确检测,是当前面临的挑战及技术难点”余乐博士指出。因此,为提升临床病原检测的时效性和准确性,必须建立一套基于多重PCR的靶向病原体纳米孔测序自动分析方法及系统。

对临床诊疗而言,病原体检测需快速、准确且经济。靶向富集测序能够有效减少测序量,加快进度并降低成本,作为宏基因组测序技术的补充非常有价值。靶向富集测序通过对目标基因进行分离和富集,能够提高测序深度,提高灵敏度。

与现有技术相比,余乐博士团队的技术方案中建立了针对基于多重PCR的靶向纳米孔长读长测序数据的病原体比对识别方法和系统,能够有效处理纳米孔测序技术产生的长读长数据,很好地解决了长读长、错误率较高的纳米孔测序数据比对分析中准确性和分析速度难以兼顾的问题,将典型数据测序及实时分析耗时降低到最低可达到10分钟以内,满足临床中对低丰度病原体进行快速病原检测分析的需求。同时,该方法也能够针对二代测序获得的短读长数据进行分析,具有较好的数据兼容性。

源生基因是佛山高新区高技术产业化创业团队蓬勃发展的一个缩影。从2020年起,佛山高新区管委会累计投入超1.7亿元,引进47个高技术产业化创业团队,在生物医药、电子信息、半导体、高端装备等重点领域实现不同程度的科技成果产业化,形成了佛山高新区的“人才品牌”效应。

接下来,佛山高新区管委会将继续优化支持创业团队产业化的全链条创新体系,坚持在人才引进和扶持创新创业方面走出一条特色化和差异化道路,推动佛山战略性新兴产业发展和人才集聚。

(图片来源:佛山高新区)

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