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经营部和注册公司在税收上的区别主要有：

一、税收管辖不同：经营部在税收上主要受到地方税务机关的管辖，税务管理负责人可以按照公章唯一的宗旨管理，而注册公司在税收上则受到国家税务机关的管辖，在纳税行为上，公司可以独立行使纳税权利和承担纳税义务，不受经营部管辖。

二、纳税类别不同：经营部在税收上主要是承担增值税、个人所得税等的纳税义务，而注册公司在税收上，除了要缴纳增值税、企业所得税等税收项外，还需要缴纳印花税、城市维护建设税等税收。

三、税收基础不同：经营部在税收上主要以实际经营收入为税收基础，而注册公司的税收基础是以当年累计实现利润为分析依据。

另外，对于个体工商户来说，注册公司可以享受部分税收优惠政策，而经营部则无法享受。

拓展知识：

除了税收上的区别，经营部和注册公司在其他方面也有明显的差异。比如，经营部是一个没有法人资格的基本经营单位，具有独立经营的能力，但注册公司不仅具有独立的法人资格，而且可以根据公司章程自主决定其从事活动的范围。 此外，注册公司的投资范围更广，一般可以从事银行贷款等与资本金相关的活动，而经营部则无法办理银行贷款等活动。